Thutmose II là con trai của vua Thutmose I với một người vợ bé, Mutnofret. Do đó ông đã buộc phải kết hôn với người chị khác mẹ, Hatshepsut, để đảm bảo vương quyền của mình. Dưới vương triều của mình, ông đã đàn áp thành công cuộc nổi dậy tại Nubia và Levant, ngoài ra còn đánh bại một nhóm du mục người Bedouin, nhưng những chiến dịch này lại được thực hiện bởi các tướng lĩnh của nhà vua, chứ không phải do bản thân Thutmose II. Điều này thường được hiểu là bằng chứng cho thấy Thutmose II vẫn còn nhỏ tuổi khi lên ngôi. Thutmose II đã có một người con gái với Hatshepsut, Neferure, ngoài ra ông còn một người con khác là Thutmose III, với một người vợ bé tên là Iset trước khi ông qua đời.

Một số nhà khảo cổ tin rằng Hatshepsut là người nắm quyền lực thực sự phía sau ngai vàng trong thời gian cai trị của Thutmose II vì những chính sách trong nước và nước ngoài tương tự như những gì bà đã theo đuổi dưới vương triều của bà và bởi vì tuyên bố của bà rằng bà là người kế vị được cha mình lựa chọn.